Congés payés et arrêts maladie : comprendre les nouvelles règles et sécuriser vos pratiques RH

Devenu inévitable, un processus de mise en conformité avait été amorcé par la Cour de cassation, le 13 septembre 2023, avec la publication d’une série d'arrêts relatifs à l'acquisition des congés payés durant la maladie. Poursuivi par le législateur au printemps 2024 avec l’adoption de la loi DDADUE, ce processus s’est finalement achevé le 10 septembre 2025 par le rendu de deux décisions majeures :

• l’une portant sur le report des congés payés coïncidant avec un arrêt maladie ;
• l’autre sur l’intégration des congés payés dans l’assiette de calcul des heures supplémentaires.

A l’heure où ces incompatibilités semblent désormais levées, nous vous proposons, à travers ce questions-réponses, un tour d’horizon des règles applicables sur ces différents sujets.

Acquisition des congés payés pendant la maladie    

1.  Combien de jours de congés payés un salarié acquiert-t-il pendant un arrêt maladie ?  
2. Qu’en est-il de la limite de 1 an pour l'acquisition des congés pendant un arrêt de travail pour maladie professionnelle ou accident du travail ?  
3. Comment calculer le nombre de congés acquis par un salarié en arrêt maladie d'origine non professionnelle sur une partie de l'année ?  
4. Un arrêt maladie a-t-il forcément un impact sur le nombre de jours de congés payés acquis ?  
5. Dans quelles autres situations le salarié continue-t-il d'acquérir des congés payés ?  
6. Quel est l'impact de ces nouvelles règles sur le montant de l'indemnité de congés payés ?  
7. Comment s’exerce le droit au report ?  
8. Est-il possible de déroger au délai de report de 15 mois ?  
9. En quoi consiste l'obligation d'information du salarié ?    

Application des nouvelles règles

1. Les règles d'acquisition et de report sont-elles rétroactives ?
2. Jusqu’à quand un salarié peut-il faire valoir ses droits ? 
   • Cas des salariés encore en poste 
   • Cas des anciens salariés ayant quitté votre entreprise 
3. Un salarié placé en arrêt maladie durant ses congés payés bénéficie-t-il d’un droit au report ? 
4. Comment le salarié doit-il notifier son arrêt maladie à l’employeur ? 
5. Comment le salarié arrêté pour maladie au cours de ses congés payés est-il indemnisé ?
6. Que se passe-t-il si le salarié tombe malade à l’étranger ?
7. Les entreprises sont-elles exposées à un risque élevé de contentieux ? 
8. Dans quelle mesure les congés payés doivent-ils être pris en compte pour calculer le seuil de déclenchement des heures supplémentaires ?
9. Les entreprises disposent-elles d'un délai pour adapter leurs pratiques ?
10. Les salariés peuvent-ils réclamer le paiement d’un rappel d’heures supplémentaires ? 
11. Cette solution a-t-elle vocation à s’appliquer à tous les modes de décompte de la durée du travail ?

Annexe : modèles d’information du salarié à son retour d’arrêt de travail    

• Information du salarié sur la prise des congés acquis avant un arrêt de travail 
• Information du salarié sur la prise des congés acquis pendant un arrêt de travail d’au moins 1 an
• Information du salarié sur le report des congés payés non décomptés du fait d'un arrêt de travail