Temps partiel thérapeutique : évitez les erreurs déclaratives

Le temps partiel pour motif thérapeutique (TPT) permet à un salarié de travailler, provisoirement, à temps partiel ou dans le cadre d’un travail aménagé, afin de s’adapter à son état de santé.

Il peut faire suite à un arrêt de travail pour maladie, accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP), mais pas nécessairement.

Il est prescrit au salarié par son médecin traitant qui précise le pourcentage d’activité (par exemple : 1/3 de temps). Cette prescription se fait sur un formulaire identique à celui d’un arrêt de travail.

L’employeur doit alors : 

• organiser une visite de reprise avec le médecin du travail qui émet un avis d'aptitude ou d'inaptitude ;
• établir une attestation indiquant son accord de principe sur la reprise, la nature de l’emploi à temps partiel et la rémunération correspondante, que le salarié transmet ensuite à sa CPAM ;
• déclarer les conditions de durée et de rémunération pendant la durée du temps partiel thérapeutique ;
  établir une attestation de salaire à chaque mois échu de temps partiel thérapeutique.

Le salarié perçoit : 

• des indemnités journalières de la Sécurité sociale pour les heures non travaillées ;
• mais également une rémunération versée par son employeur pour les heures travaillées.

Sauf dispositions conventionnelles contraires, l’employeur n’a pas obligation de maintenir la rémunération du salarié à hauteur de ce qu’il percevait avant la mise en place du temps partiel thérapeutique. Étant précisé que les éventuelles dispositions de la convention collective prévoyant un maintien de salaire intégral en cas de maladie ne s’appliquent pas au TPT.

L’employeur doit respecter plusieurs formalités afin de pouvoir bénéficier du maintien partiel des IJ maladie versées par la CPAM.

L’employeur doit notamment établir une attestation de salaire pour l’indemnisation du temps partiel pour motif thérapeutique à transmettre tous les mois à terme échu via son compte Net-entreprises.fr, onglet  « Saisir une attestation de salaire et accéder au bordereau ». 

Cette attestation doit préciser, dans « salaires de référence » :

• la période de travail à temps partiel ;
• le salaire brut réellement perçu par votre salarié au cours de cette période ;
• le motif de son absence ;
• et le salaire brut perdu par rapport à ce qu'il aurait gagné à temps plein sur cette période.

Dans un second temps, il convient de renseigner le « dernier jour travaillé » . Cette date dépend de la situation du salarié.

L’Assurance maladie apporte des précisions sur la date du  « dernier jour travaillé » en fonction des différents cas de figure qui peuvent se présenter, et notamment lorsqu’un arrêt vient interrompre ponctuellement le temps partiel thérapeutique : 

Enfin, pour déclarer les salaires, il faut distinguer selon que le temps partiel thérapeutique est précédé ou non d’un arrêt de travail, pour maladie ordinaire ou consécutif à un AT/MP :

• si le temps partiel thérapeutique fait suite à un arrêt pour maladie ordinaire, l’employeur doit préciser la période concernée et la perte de salaire sur cette période qui se calcule comme suit : salaire habituel - salaire perçu en TPT ;
• si le temps partiel thérapeutique ne fait pas suite à un arrêt, il doit, en plus, déclarer les 3 mois de salaire précédents le TPT, ainsi que la perte de salaire associée ;
• si le temps partiel thérapeutique fait suite à un accident du travail ou une maladie professionnelle, l'employeur doit indiquer le salaire brut perçu et perdu sur la période de TPT déclarée.

Vous voulez en savoir plus sur le temps partiel thérapeutique et notamment sur sa mise en place ? Les Editions Tissot vous conseillent leur documentation « Santé sécurité au travail ACTIV ».

Ameli.fr, Temps Partiel Thérapeutique : les trois points clés pour éviter les erreurs, 21 octobre 2025